以数量来说明，明朝在永乐年间于辽东地区设置了179个卫和20个所。其中，隶属禁军系统的锦衣卫，其管辖下的千户单位便高达19个。在这19个千户单位里，还专门设有4个骑兵千户所。如此规模庞大的军事部署，若仅用于侦察和情报收集，未免显得过于铺张。
明代的军事部署同样遵循着重视中央轻视地方的原则，京城卫队的总人数本来就比地方部队多得多，一旦发生战事，通常都会以京城部队作为主要的作战力量，隶属于皇帝亲军的锦衣卫自然也不例外。
锦衣卫原本是都督府下辖的正七品拱卫司，后来职位提升为正三品的拱卫指挥使司。紧接着，它又被更名为都尉司以及亲军都督府。在洪武三年，亲军都督府被重新调整，负责统领左、右、中、前、后五卫的军士，同时仪鸾司也归其管辖。
洪武十五年，撤销亲军都尉府和仪鸾司，另行设置锦衣卫，并赋予其从三品的官阶与权力，两年后，又将锦衣卫的品级提升至正三品。值得注意的是，尽管洪武朝的锦衣卫拥有侦查与监察的职责，但其军事方面的作用并未因此完全废除。
洪武十四年云南战役，堪称明朝建立以来规模最为宏大的南向用兵。战事终结之后，朝廷最初打算按照老规矩，让当地军户去充实新成立的卫所，可当时云南饱受战乱摧残，“户籍资料损毁殆尽，兵员数量也难以查证”。
没有办法，只能从外地驻军和京城守军中调派士兵到那里驻扎，目的是平息叛乱、稳定局面。洪武二十一年，在那片地方又增设了景东和蒙化两个卫所，同时“派锦衣卫指挥佥事胡常负责景东，府军前卫指挥佥事李聚负责蒙化”。
胡常的职务变动并非零星锦衣卫武官的岗位调整，依据《游牧文明因子与明朝卫所体系中的亲军卫——以锦衣卫为中心的考察》的作者张金奎对《云南后卫选簿》《临安卫选簿》《安南卫选簿》等文献的细致研究，胡常被派往景东卫任职之际，众多锦衣卫人员同时被调往景东卫等相关地区，诸如福建清流县人魏荣、浙江仁和县叶胜保、广东怀集县黎亚章等人，皆是以锦衣力士（锦衣卫普通士兵，无官阶）的身份被派往景东卫。
从这个角度分析，洪武年间的锦衣卫和其余京城卫队一样，也必须参与外出战斗，或者承担驻守边疆的职责。
洪武朝后期，锦衣卫负责侦查和监督的权力被取消，司法权交给了三法司处理，命令说朝廷内外案件不能送到锦衣卫，所有案件大小都要经过司法官员审理，直到高皇帝去世，锦衣卫不再负责案件审理，逐渐被其他军队消灭了。靖难之役宣告终结后，明成祖朱棣以清除奸佞为借口重新启用锦衣卫，另设锦衣卫北镇抚司专门负责皇帝钦定的案件，该机构有权直接拘捕、审问涉案人员，与三法司联合行使司法权，权力急剧膨胀。
在靖难之役期间，一些凭借军功得到晋升的武将也被调派到锦衣卫工作，这一点值得关注，可能是因为锦衣卫作为“侍卫亲军”的性质非常突出，朱棣主要从燕王府的仪仗队以及燕山卫的左中右三户卫等核心部队中选拔将领加入锦衣卫，以北京地区的卫队为例，《南京锦衣卫选簿》里只有屈士通蓟州卫左所的一名试百户，他是因为立下战功才被提拔为锦衣卫中左所的世袭正千户。
靖难之役后选拔的众多武将，其目的并非仅限于增设监狱，锦衣卫作为天子的贴身护卫部队，所以在永乐皇帝五次亲征蒙古的军事行动里，这些历经战阵的将领也会跟随皇帝出征，保护君主，亲身参与战斗。
永乐年间，锦衣卫人员构成除京师卫所武将外，蒙古族与女真族归降者亦是重要补充，明成祖在辽东置办了近两百个卫所及二十个管理机构，经由奴儿干、黑龙江和乌苏里江流域招安，收纳了众多蒙古、女真族归顺人员，其中多数人被分配差遣，首领们则凭借领取俸禄资格，载入锦衣卫选录名册。
实际上，明朝初期就着手安抚边疆各民族投降者，规定所有鞑靼官员和军队都允许迁居中原地区，并且继续隶属于各个卫所的编制体系，这一政策记载于《明太祖实录》。因为归降明朝的元朝军队中的达达族群人数最多，当时人们便将这些武官称作“达官”。
这些显贵通常擅长骑马射箭，作战能力极强。一方面是为了利用他们的军事才能，另一方面是为了便于管理和控制，他们大多被分配到卫所中，安置在各个地区。比如洪武二十年纳哈出归顺明朝后，他的部下很多被授予指挥、千户、百户的职位，领取俸禄但不承担实际职务，分别归属于云南、两广、福建等地的都司进行安置。
达官与普通将领存在差异，他们拥有独立的贴黄册，编号采用“达”字，而其他武官则使用“武”字，锦衣卫中的达官专门负责操练，不负责军政事务，也不参与军政考选，由此可见，这样选拔出的锦衣卫并非用于侦查违法的密探，而是最擅长用德行或道理感化他人的武将。
正统朝时期，锦衣卫的武职人员参与军事行动的记录屡见不鲜，例如正统七年，武忠作为先行官，在白海子区域成功击败了蒙古军队，而早在五年之前，他也曾参与过铁岭卫周边的明蒙交战。
土木事变期间，众多锦衣卫将领随皇帝出征，在土木堡遭遇战败，不幸牺牲，例如锦衣卫百户路俊，在明军溃败后冲出重围，并未选择逃跑，而是多次冲入敌阵，奋勇作战直至生命终结。；明宣宗临终托付的五大臣之一胡濙（民间传说他受朱棣指派秘密寻找建文帝下落），其子胡谸担任锦衣卫千户，跟随英宗北伐，同样在土木堡战役中牺牲。
实际上，除了前述两人之外，《锦衣卫选簿》还记录了许多在土木之变后仍然“出征未归”的锦衣卫千户、百户等阶层的军官，由此可以知道锦衣卫组织在这场战役中也遭受了重大损失。
锦衣卫内部矛盾的观念是怎么产生的？这可能与明孝宗有关联。土木堡之变后，为处理京城防务兵力的不足，景泰帝采纳了于谦“建议从各军营挑选精兵十万，分成十个营进行操练”的主张，从三大营等部队中挑选出可用之员，构成团营的精干力量。
锦衣卫也入选了选拔范围，不过到了弘治十二年（1499），兵部按照惯例上奏，提议“从锦衣卫及腾骧等四卫军旗勇士校尉六万八千多人中挑选补充团营的空缺”，这个请求却受到御马监太监宁瑾等人的阻挠。
最终，明孝宗下令指示“往后各机构处理军事事务，不能将五卫相混合并上奏”。这表示从此以后，锦衣卫不再参与团营的挑选，也无需离开京城去打仗。
锦衣卫军事作用的减退，未必代表其能力下降，实际上，明代锦衣卫除了人们通常认为的特务组织这一特点之外，其职责范围相当模糊不清。它承担的任务越来越多，而且重复累赘，接连不断。
晚明时期，锦衣卫内部设有特殊职位，例如“提督街道房官旗办事锦衣卫管卫事某官”。依据万历年间编纂的《大明会典》所述，京城内外街道的修缮与沟渠的疏通，由一名指挥官专职负责，该指挥官手下配备两名副手及五十名旗校。街道房这一机构并非锦衣卫初创时的东司房、西司房，而是后期增设的部门。
这实在是锦衣卫与基层社区管理人员的奇妙合作了，基层社区管理人员的任务目标也很清晰：在两年内，负责整治京城街道的排水系统，锦衣卫的官员和士兵要持续进行巡查。如果有人工作懈怠，允许巡街的御史进行检举并追究责任。倘若御史不发声，也要对相关人员一起进行处罚。
《明实录》之中亦有所记：街道沟渠脏乱不堪、堵塞严重，中城兵马司的指挥官、负责巡查城防的御史以及锦衣卫的校尉们，也要遭到拘捕关押进监狱，“命令司法部门裁定罪行后上报朝廷”。
这并非某个皇帝异想天开，实际上，当时京城之中，有权势的达官显贵随意侵占街道、挖掘沟渠的现象十分普遍，正所谓“京城内外权势人家的军民，侵占官方街道，填平堵塞沟渠等事……”（《明武宗实录》）
原先负责街道管理的五城兵马司和巡城御史职位不高，权力有限，说话没人听难以解决，而工部又以只管工程事务为由不肯负责，在这种情况下，拥有抓捕权力的锦衣卫就成了最合适的人选。
与此情况雷同，针对私下屠戮耕牛的现象，朝廷方面还授权锦衣卫去缉拿那些从事非法宰牛的人等。但耕牛究竟是怎么死掉的，是病死的还是老死的，是意外受伤死的还是被人私自动手，这些都很难弄清楚，而且一旦大规模去抓捕，很容易引发一连串麻烦，比如成化年间，因为“杀一头牛要罚十倍”，结果导致军队采购牛皮、牛骨、牛筋、牛角这些军需品都变得异常困难，朝廷只好“告诉东厂官校不要乱查”，这个禁令就这样变得实际上已经失效了。
值得注意的是，和许多朝代的禁军类似，锦衣卫在中后期里，军官职位上充斥着大量皇亲国戚和宦官的亲属子弟，此外，部分得到皇帝青睐的画家和匠人也常被编入锦衣卫队伍，这种人员构成的改变，或许是锦衣卫军事作用逐渐式微的一个因素。
